El rey Felipe II crea por cédula real del 25 de enero de 1569 los Tribunales del Santo Oficio de la Inquisición en las ciudades de México y de Lima. Una segunda cédula del 16 de agosto de 1570 determina la jurisdicción del Tribunal que entra en funcionamiento para perseguir y castigar los actos contra la fe: apóstatas herejes y judaizantes; las acciones contrarias a las buenas costumbres y a la moral cristiana: blasfemia, bigamia, concubinato y solicitación; a disidentes con respecto a dogmas católicos, y también perseguir a los cristianos que habían abrazado el luteranismo; la vigilancia sobre los “libros prohibidos” que ya existían, los que entraban al reino y los que se imprimían en América.